سید جعفر مرتضی عاملی در ۲۵ صفر سال ۱۳۶۴قدر روستای عیتا الجبل، در ۱۱۰ کیلومتری بیروت به دنیا آمد. نسب خاندان پدریاش به «الحسین ذوالدَّمعه»، فرزند زید، فرزند امام سجاد(ع) میرسد.
سید جعفر مرتضی در ۴ آبان سال ۱۳۹۸ش مطابق با ۲۷ صفر سال ۱۴۴۱ق در بیروت درگذشت و در زادگاهش واقع در جبلعامل دفن شد.
سید جعفر مرتضی تحصیلات خود را بهصورت غیررسمی نزد پدرش که معلم بود، آغاز و در ۱۳۸۲ق برای تحصیل علوم دینی به نجف سفر کرد. در آنجا مدرسه بروجردی و جامعة النجف الدینیة را برای اقامت برگزید و به تحصیل علوم دینی مشغول شد. در سال ۱۳۸۸ق به قم مهاجرت نمود. در حوزه علمیه قم، ابتدا باقیمانده دروس سطح را نزد میرمحمدی آموخت. سپس در درس اساتیدی چون آیات سید موسی شبیری زنجانی، سید علی فانی، مرتضی حائری یزدی و میرزا هاشم آملی حاضر شد و همزمان به تحقیق و پژوهش درباره مسائل تاریخی و عقیدتی شیعه پرداخت.
از فعالیتهای مهم جعفر مرتضی در سالهای اقامت در قم، میتوان به پژوهش در زمینههای مختلف تاریخ و عقاید شیعه، راهاندازی «مُنتَدا» یا «مدرسه علمیه جبل عاملیها» و تدریس برای دانشجویان دوره کارشناسی ارشد دانشگاه تربیت مدرس اشاره کرد. وی در همین سالها از تدریس، ارائه مشاورههای تحقیقاتی و ایجاد شرایط مناسب برای تحصیل طلاب لبنانی نیز غافل نبود. مرتضی طی ۲۵ سال سکونت در شهر قم ضمن حمایت و تربیت طلاب لبنانی در صورت ضرورت به حمایت ایدئولوژی انقلاب اسلامی پرداخت و مباحثی در حکومت از سیره اهل بیت تدوین نمود.
عاملی از اواخر سال ۱۳۷۲ش/۱۹۹۳م در لبنان ساکن شد و تلاشهای علمی، پژوهشی و تربیتی خود را در ضاحیه بیروت که آن زمان در اشغال اسرائیل بود ادامه داد. او در این سالها علاوه بر پژوهش در زمینه تاریخ و تأسیس مرکزی تحقیقاتی در بیروت، به برگزاری جلسات مختلف برای جوانان شیعه لبنانی همت گماشت و از این راه، نسلی از فعالان مذهبی در میان شیعیان لبنان به وجود آورد. یکی دیگر از اقدامات او در مسیر آموزش مبانی اعتقادی، تأسیس مدرسه علمیه در ۱۳۷۷ش در بیروت است. دفاع از امامت و ولایت و تلاش مستمر در پاسخگویی به شبهات اعتقادی، از اقدامات وی در سالهای اقامت در لبنان است.
کتابهای سید جعفر مرتضی درباره تاریخ اسلام و تشیع و سیرهنگاری اهلبیت (علیهم السلام) بوده و آثار او در تاریخ و اعتقادات شیعه قلم زده شده است. مهمترین اثر جعفر مرتضی مجموعه ۳۵ جلدی الصحیح من سیرة النبی الاعظم با موضوع سیره پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله) و مجموعه ۵۳ جلدی الصحیح من سیرة الامام علی با موضوع سیره امام علی(علیه السلام) در تاریخ اسلام است.