در حرم امام حسین (علیه السلام) پنج ضریح مطهر قرار دارد:
1- ضريح حرم مطهر امام حسين ( عليه السلام)
حرم مطهر امام حسين (عليه السلام) تنها حرمي است که داراي پنج ضريح است. اولين ضريح حرم مطهر مربوط به سيدالشهداء (عليه السلام) است. امام سجاد (عليه السلام) پيکر مطهر امام حسين (عليه السلام) را با کمک ملائکه در همين محل اکنوني و پيکر مطهرحضرت علي اکبر (عليه السلام) را پايين پاي امام (عليه السلام) دفن کردند. علت شش گوشه بودن اين ضريح مطهر اين است که در گوشه پايين پاي سيد الشهداء (عليه السلام) حضرت علي اکبر (عليه السلام) دفن شده است.
در طول تاريخ، حاکمان و پادشاهان مختلف در ساخت و ساز و تزيين حرم مطهر امام حسين (عليه‌السلام) همت گماشته‌اند. اولين ضريح بر روي قبر ايشان از جنس چوب بود و توسط عضد الدوله ديلمي ساخته شد. در دوره قاجاريه ابتدا فتحعلي‌شاه و بعد انيس‌الدوله زن ناصرالدين‌شاه هرکدام ضريحي از جنس نقره براي قبر شريف امام حسين (عليه‌السلام) ساختند.
طاهر سيف‌الدين داعي مطلق فرقه بهره هند ضريحي از نقره خالص ساخت. اين ضريح با ضريح قاجاري تعويض گرديد و ضريح قبلي براي نصب بر روي قبر مطهر امامين عسکريين (عليهما‌السلام) به سامرا فرستاده شد. کار ساخت ضريح فعلي سال 1385ش با تشکيل هيأت امنايي در ايران کليد خورد. اين ضريح همانند ضريح قبلي، شش گوشه و تقريباً به همان ابعاد، ساخته شده است. پس از نصب ضريح بر روي قبر مطهر امام حسين (عليه‌السلام)، در اسفند سال1391 رونمايي شد.
2- ضريح شهداي کربلا
ضريح دوم مربوط به ضريح شهداي کربلا مي باشد؛ ازشيخ مفيد درکتاب ارشاد نقل است، شهداي بني هاشم باکمک قبيله بني اسد در پايين پاي حضرت علي اکبر (عليه السلام) و شهداي اصحاب را پايين پاي شهداي بني هاشم دفن کردند. در حال حاضر ضريحي به عنوان نماد محل دفن شهداي کربلا قرار داده شده است، ولي با توجه به اندازه کوچک ضريح، قطعاً محل دفن شهدا وسعت بيشتري دارد و زائران هنگام قدم‌زدن در آن محل، بهتر است توجه کنند که روي قبور شهداي کربلا گام برمي‌‌دارند.
3- ضريح جناب حبيب بن مُظاهر
ضريح سوم در حرم سيدالشهدا (عليه السلام)، متعلق به حبيب بن مُظاهر است. همه شهدا در پايين پاي امام حسين دفن شده‌اند بجز سه شهيد، يکي حضرت ابوالفضل (عليه السلام) که در همان محلي که پيکر مطهرشان بود، امام سجاد (عليه السلام) ايشان را دفن کردند. دومين شهيد، حر بن يزيد رياحي است، تنها شخص شهيدي که در واقعه کربلا سر از بدنش جدا نشد و تنها شخص شهيدي که پيکرش در کربلا زير سم قرار نگرفت. ياران حرّ از عمر سعد اجازه گرفتند و شهيد را نزديک قبيله به خاک سپردند. و سومين شهيدي که در پايين پاي امام حسين (عليه السلام) و علي اکبر (عليه السلام) دفن نشد، حبيب بن مُظاهر اسدي مي باشد. به دليل اينکه ايشان، بزرگ قبيله بني اسد بود، اشخاصي که از آن قبيله براي دفن شهدا به کربلا آمده بودند، از امام سجاد (عليه السلام) اجازه گرفتند و ايشان را در بالاي سر اباعبدالله الحسين(عليه السلام) دفن کردند. حبيب کسي است که روي قبر مطهرش اين حديث زيبا از امام حسين (عليه السلام) نوشته شده است: «يَا حَبيب! لَقَدْ کُنْتَ فَاضِلاً تَخْتِمُ الْقُرآنَ فِي لَيْلَة وَاحِدَة: تو مرد دانشمند و بافضلى بودى و قرآن را در يک شب يک ختم مى نمودى.»
4- ضريح قتلگاه
قتلگاه در حرم امام حسين (عليه السلام)، در جنوب غربي رواق حبيب بن مظاهر و در فاصله چند متري ضريح حبيب بن مظاهر، در زاويه غربي آن قرار دارد. دو پنجره‌اي که براي اين مکان نصب شده، يکي رو به روي باب القبله و ديگري رو به روي باب الرأس قرار گرفته است.
قتلگاه در گذشته به صورت سرداب بود و در بازسازي سال 1366ق. با کف رواق هم‌سطح شد. روي مکان منتسب به محل شهادت امام حسين (عليه السلام) سکوي سنگي است و درون اتاقي قرار دارد. امکان رفتن به درون اتاق، به دليل ازدحام جمعيت براي زائران وجود ندارد. دو پنجره مشبک در سال 1431ق. بر ديواره‌هاي قتلگاه نصب شد تا زيارت اين مکان از پشت پنجره‌ها امکان‌پذير شود.
5- ضريح ابراهيم مجاب
ضريح پنجم در حرم مطهر مربوط به ابراهيم مجاب؛ ابراهيم نوه امام موسي کاظم (عليه السلام)است. آرامگاه اين سيد جليل‌القدر، در قسمت شمال غربي، در رواقي به نام خود وي، در آستان مقدس امام حسين (عليه‌السلام) واقع شده است. از اين رواق، دو در به صحن مطهر گشوده مي‌شود که يکي، باب حبيب بن مظاهر است و در گذشته داراي کفشداري بوده متعلق به آل شريح و ديگري، «باب سيد ابراهيم مجاب» است که کفشداري آن، به سيد جعفر فرزند سيد حسن، فرزند سيد جعفر آل طعمه تعلق داشت. براي اين رواق، درِ سومي هم به در مقابل باب سلطانيه، گشوده شده که کفشداري متعلق به سيد‌هادي محمد مصطفي آل طعمه، در آن واقع است.
در گذشته اين رواق، يکي از صحن‌هاي حرم مطهر امام حسين (عليه‌السلام) بود و مقابر علويين نام داشت. اما بعدها بر اثر توسعه حرم مطهر که مقداري به مساحت بناهاي حرم افزوده شد، مرقد سيد ابراهيم مجاب، در رواق غربي حرم قرار گرفت و چون اين رواق، بزرگ شد، قبر سيد ابراهيم مجاب، در شمال رواق مذکور واقع گشت.
