سرفصل اولیه دکتری تاریخ معاصر کشورهای اسلامی در سال ۱۳۹۰ تهیه شد که حاصل جلسات متعدد کارشناسی مرکب از اعضای هیأت علمی مراکز مختلف آموزشی و پژوهشی قم بود، برای تصویب و تأیید به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ارسال شد.
این سرفصل ها در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در تاریخ ۳۰ آذر ۱۳۹۱ به تصویب رسید و تنها رفع چند اشکال به شرح زیر را درخواست کرد:
۱- ادغام درس شناخت و نقد منابع با درس تحقیق پیشرفته
۲- افزایش دروس اختیاری و تغییر نام دروس پیشنیاز به جبرانی
۳- تنظیم سرفصل ها بر اساس شیوه نامه بازنگری و تدوین درسی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری
۴- گنجاندن درس فلسفه تاریخ، جغرافیای سیاسی اسلام، جامعه شناسی تاریخی جهان اسلام و حکومت و سیاست در جهان اسلام
این اشکالات با مساعی و تلاش های گروه تاریخ اسلام مجتمع آموزش عالی امام خمینی(ره) اصلاح و سرفصل های نهایی شده در تاریخ ۲۹ بهمن ۱۳۹۱ به معاونت آموزشی ستاد جامعه المصطفی العالمیه ارسال شد. گروه تاریخ اسلام امیدوار است با توجه به تصویب نهایی این سرفصل ها در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، مجتمع آموزش عالی امام خمینی(ره) بتواند در سال ۱۳۹۲ به پذیرش دکتری تاریخ معاصر کشورهای اسلامی مبادرت نماید.